প্রথম জাতীয় পঞ্চবার্ষিক পরিকল্পনার (১৯৭৩-৭৮) আওতায় রাষ্ট্রীয় পর্যায়ে বীজের মান নিয়ন্ত্রণকারী সংস্থা হিসেবে ১৯৭৪ সালের ২২ জানুয়ারি বীজ অনুমোদন সংস্থা প্রতিষ্ঠিত হয়। পরবর্তীতে ২২ নভেম্বর ১৯৮৬ তারিখে এর ‍‌”বীজ প্রত্যয়ন এজেন্সী’’ নামকরণ করা হয়। সরকারি ও বেসরকারি পর্যায়ে উৎপাদিত ও বাজারজাতকৃত নিয়ন্ত্রিত ফসলের (ধান, গম, পাট, আলু, আখ, মেস্তা ও কেনাফ) বীজের প্রত্যয়ন ও মান নিয়ন্ত্রণে সংস্থাটি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে আসছে। জাতীয় বীজনীতির আলোকে দেশে একটি শক্তিশালী বীজ শিল্প গড়ে তোলার নিমিত্তে এর প্রত্যয়ন সেবা ফসলের জাত পরীক্ষাপূর্বক ছাড়করণ/নিবন্ধন থেকে শুরু করে মাঠ পরিদর্শন ও প্রত্যয়ন, পরীক্ষাগারে ও কন্ট্রোল খামারে বীজের মান পরীক্ষা, প্রত্যয়ন ট্যাগ ইস্যুকরণ, মার্কেট মনিটরিং এবং বীজ আইন ও বিধিমালা লংঘনকারীদের বিরুদ্ধে ব্যবস্থাগ্রহণ পর্যন্ত সম্প্রসারিত। সংস্থাটির সকল কারিগরী কর্মকান্ড জাতীয় বীজ নীতি ১৯৯৩, বীজ আইন ২০১৮, বীজ বিধিমালা ২০২০ ও জাতীয় বীজ বোর্ডের সিদ্ধান্ত অনুযায়ি পরিচালিত হয়ে থাকে। সরকার কর্তৃক সংস্থার অনুমোদিত নতুন জনবল কাঠামো অনুযায়ি মোট পদের সংখ্যা ৭০৮। তার মধ্যে বিসিএস কৃষি ক্যাডারভূক্ত পদের সংখ্যা ২৮৯।  বর্তমান সাংগঠনিক কাঠামো অনুয়ায়ী দেশের ৭টি বিভাগে ৭টি আঞ্চলিক বীজ প্রত্যয়ন অফিস ও বীজ পরীক্ষাগার এবং ৬৪টি জেলায় ৬৪টি জেলা বীজ প্রত্যয়ন অফিস অন্তর্ভূক্ত রয়েছে।